O primeiro vôo da empresa aconteceu em 15 de janeiro de 2001. A companhia é presidida por Constantino de Oliveira Júnior, herdeiro do grupo mineiro Áurea, um dos maiores grupos de transporte de passageiros do Brasil.

Ao final de 2004, a empresa iniciou seus vôos internacionais entre São Paulo e Buenos Aires. Em 2005 iniciou novos vôos com destino à cidade boliviana de Santa Cruz de la Sierra. Em 2006 começou a operar vôos diários para Santiago, no Chile.
No dia 15 de setembro de 2006, a empresa inaugurou o seu Centro de Manutenção de Aeronaves, localizado no terminal de cargas do Aeroporto Internacional Tancredo Neves (Confins), na região metropolitana de Belo Horizonte. O motivo desta inauguração foi que a empresa já possuía um razoável número de aeronaves e decidiu ela mesma fazer a manutenção de seus aviões.

O centro de manutenção cuida da frota de aeronaves da própria Gol, e também faz a manutenção de outras empresas aéreas.Em 2007, a empresa iniciou vôos para a cidade peruana de Lima. No Brasil a empresa passou a voar para em março, para Marabá (Pará), além de ter iniciado frequências para Cruzeiro do Sul, no Acre. Em dezembro, a companhia iniciou vôos para Presidente Prudente, no estado de São Paulo, considerada a "capital do Oeste Paulista". Em janeiro de 2008, a Gol iniciou suas operações para Cabo Frio, no estado do Rio de Janeiro.
Em 28 de março de 2007, a GOL comprou da VRG Linhas Aéreas, também conhecida como a "nova Varig", por US$ 275 milhões, vencendo a disputa pela compra da companhia com a empresa chilena LAN. [1]
Em 25 de março de 2008, a GOL suspendeu os vôos para duas cidades do interior de São Paulo, São José do Rio Preto e Ribeirão Preto. Segundo comunicado divulgado pela empresa, a decisão foi tomada devido à redução de horários para pousos e decolagens no Aeroporto de Congonhas (zona sul da capital paulista), de onde partiam quase todas as rotas extintas (o vôo entre Cuiabá e Rio Preto foi igualmente suspenso). A empresa atribui ainda o fim das operações nas duas cidades, onde concorria com a TAM, à suposta baixa demanda. Analistas atribuíram o enxugamento ao mau resultado da GOL no primeiro trimestre de 2008, com prejuízo de R$ 74,1 milhões, contra lucro de R$ 91,58 milhões obtido em igual período de 2007. [2][3]
A GOL conquistou em curto período de tempo grande participação no mercado de aviação civil do Brasil. Uma oferta de um grande número de assentos por aeronave, a crise na Varig e aviões modernos que permitiram funcionar a menores custos de manutenção, além de quadro de funcionários mais reduzido e sistema de vendas de bilhetes que diminui o índice de inadimplência

Atualmente

Em 2007, a Gol alcançou 39,5% de participação no mercado doméstico e 14,2% de participação no mercado internacional de vôos, sendo a segunda maior companhia aérea do Brasil.
O quadro de funcionários da companhia atualmente beira os 13 mil colaboradores. O lucro líquido da Gol, durante o ano de 2007, foi de R$ 268,5 milhões. No primeiro trimestre de 2008, contudo, o lucro líquido teve queda de R$ 74 milhões. [3]
Em 2008, a empresa teve um prejuízo de 1,4 bilhão de reais.[4]
A linha aérea opera voos para 8 países: Argentina, Bolívia, Brasil, Colômbia, Panamá (code-share com a Copa Airlines), Paraguai, Uruguai e Venezuela. Pode ser considerada uma empresa de porte médio, uma vez que voa para mais países do que empresas aéreas membro da Star Alliance, como Spanair e Shanghai Airlines.

Compra da Varig

Em 28 de março de 2007, a Gol anunciou a compra da Varig. Este fato permitiu a empresa ampliar a sua participação no mercado internacional[3]. Foi anunciado o fim do serviço de primeira classe naquela empresa, bem como planos de incorporação de aeronaves à sua frota. O negócio foi fechado por U$ 320 milhões, sendo que o pagamento foi feito, em parte, com 10% do caixa da Gol (U$ 98 milhões), a entrega de 6,1 milhões de ações preferenciais emitidas, que representam 3% do total de papéis da companhia e o compromisso da Gol de honrar R$ 100 milhões em debêntures (títulos de empresas), já emitidos pela VRG ("nova" Varig). A Gol deixou sua antiga razão social, GOL Transportes Aéreos S.A., e tornou se junto com a Varig uma só empresa, a VRG Linhas Aéreas S.A., depois que o processo de fusão com a Varig deu-se como encerrado.

Acidente com o vôo 1907

Arte da colisão (CG) - Vôo Gol 1907

Ver artigo principal: Vôo Gol 1907
Em 29 de setembro de 2006, às 16:48h, um Boeing 737-800 SFP (Short Field Performance) da companhia, prefixo PR-GTD, com 154[6] pessoas a bordo e 234 horas de vôo, desapareceu do radar do Controle de Tráfego Aéreo enquanto cumpria a etapa Manaus (MAO) – Brasília (BSB) do vôo GLO1907, cuja rota era Manaus (MAO) – Brasília (BSB) – Rio de Janeiro (GIG).
As primeiras informações, apuradas na noite do dia 29, indicavam queda decorrente do choque da aeronave com um Embraer Legacy que fazia seu vôo de entrega a um cliente estadunidense. O Legacy avariado conseguiu fazer um pouso de emergência em um campo de provas da Força Aérea Brasileira localizado na Serra do Cachimbo, em Novo Progresso, Pará. O portal de notícias G1 reconstituiu a hipótese mais provável em um infográfico do acidente.
Aproximadamente às 09:00h do dia 30 de setembro, os destroços do 737-800 foram encontrados 200 km a sudoeste de Peixoto de Azevedo, Mato Grosso, em uma região de selva densa e de difícil acesso. O Presidente da República Luiz Inácio Lula da Silva decretou luto oficial de três dias, devido ao mais grave acidente, até então, da história da aviação civil do Brasil e o primeiro com vítimas envolvendo o modelo 800, o mais moderno da linha Boeing 737.
O avanço das equipes militares de resgate segue lento, devido à geografia e vegetação do local. Soldados abriram clareiras na mata para que helicópteros conseguissem ter acesso aos destroços, que são procurados em uma área de cerca de 20 km² do possível local do acidente. Fontes do Exército brasileiro que se encontram no local relataram uma grande quantidade de corpos mutilados — por esse motivo, a identificação dos passageiros deve demorar meses. Vítimas encontradas a cerca de meio metro de profundidade e distantes dos demais destroços indicam que o avião pode ter se fragmentado logo após o choque, caindo em pedaços desde 11 mil metros de altura. Segundo a FAB todas as 154 pessoas, sendo 6 tripulantes e 148 passageiros morreram no local[7], causando, na época, o maior desastre aéreo da aviação brasileira.
Desde a madrugada do dia 30 de setembro, a Gol disponibilizou em seu site oficial comunicados acerca do acidente.
Após 1 ano do ocorrido, os restos da aeronave continuam no mesmo local do acidente.